Müasir tarixçilər Emelyan Puqaçovun anadan olduğu tarixi dəqiq müəyyən edə bilməyiblər. Bizə çatan yeganə məlumat budur: 1774-cü il noyabrın 4-də sorğu-sual zamanı o, otuz yaşında olduğunu söylədi. 1773-1775-ci illər kəndli müharibəsinin məşhur atamanı Zimoveyskaya kəndində (Don ordusunun rayonu) anadan olub. Atası əkinçi idi, anası kazak ailəsindən idi. Kənddə Sofya Nedyuzheva ilə evləndi.
Toydan dərhal sonra Puqaçov Emelyan cəbhəyə göndərildi. Yeddi illik müharibə zamanı Prussiyada xidmət etmişdir. İlya Denisovdan yürüş atamanı vəzifəsini aldı. 1768-1770-ci illər Türkiyə müharibəsi zamanı o, heyrətamiz şücaətlə fərqlənmişdir. Benderin cəsur mühasirəsindən sonra Emelyan Puqaçov kornet titulu aldı.
Yəqin ki, xəsarət və ya xəstəlik səbəbindən gələcək üsyançı istefasını xahiş edir, lakin ona rədd cavabı verilir. Cəsur adam qaçmağa qərar verir. Üç dəfə fərari tutuldu, amma yenə gizləndi. 1792-ci ildə son uçuşu zamanı Puqaçov Çerniqov yaxınlığında sona çatdı və burada Köhnə Möminlərlə görüşdü. Onlardan Yaikə köçür. Emelyan Puqaçov ilk üsyanını məhz burada, kazak kəndində qaldırır. Əziyyət çəkdibacara bilmədi, ona görə də nəzarətə götürüldü. Belə ağır cinayətə - dövlətə xəyanətə görə o, ömürlük ağır işlərə məhkum edilir. Hökm şəxsən imperatriça II Yekaterina tərəfindən imzalanıb. Lakin Puqaçov yenə qaçır.
Yaxşı əsgərin yolu yenidən Yaitski çöllərinə, uğursuz üsyanın iştirakçıları olan qardaşları ilə görüşə apardı. Bu görüşlər zamanı kazaklar ona möcüzəvi şəkildə sağ qalan İmperator III Pyotr titulu verdilər və onu misli görünməmiş nisbətlər qazanan yeni bir üsyanın başçısı etdi. Bundan sonra yeni qurulan monarx öz siyasi proqramını elan edir, ona görə Rusiya kazak-kəndli dövlətinə çevriləcək. “Mujik kralı” ölkəni idarə etməlidir.
İmperiyaya qarşı yeni müharibə 1773-cü il sentyabrın 17-də başladı. Yeni padşahın ordusu şərqə doğru irəliləyir, daim əsgərlərlə doldurulurdu. Təxminən on min nəfərdən ibarət olan qaçaq əsgərlər, kəndlilər və kazaklar, şübhəsiz ki, başçılarını dinləyirdilər. Üsyançılar Orenburqu mühasirəyə alırlar. Emelyan Puqaçov öz qərargahını, Hərbi Kollegiyanı və Gizli Dumanı yaradır. General Kar üzərində qələbədən sonra üsyan qonşu rayonları: Kazan və Tobolsk quberniyalarını əhatə edir. Hərəkatın əl altıları Ufa, Yekaterinburq, Samara, Kunqur və Çelyabinskdə iğtişaşlar qaldırırlar.
1774-cü ilin yanvarında imperiya məhkəməsi general Bibikovu üsyanı yatırmaq üçün göndərdi. 22 mart 1774-cü ildə şiddətli döyüşlərdə Qolitsın korpusu Tatişçev qalasında saxtakarı məğlub edə bildi. Emelyanı uğursuzluq gözləyirdi vəaprel ayında Samara yaxınlığında. Rəis sağ qalan döyüşçülərlə birlikdə yeni qüvvələr toplamaq üçün qaçır. Bioqrafiyası qələbə və məğlubiyyətlərlə dolu olan Emelyan Puqaçov yenidən üsyan qaldırır. Lakin bəxt ondan üz çevirdi. Kazan və Tsaritsyn yaxınlığındakı Üçlük qalasında ağır məğlubiyyətlər onu geri çəkilməyə məcbur etdi. İnsanları yenidən ayağa qaldırmaq üçün geri çəkilin.
Yeni padşahın xidmətçiləri arasında satqınlar olmasaydı, bu müharibənin nə qədər davam edəcəyi məlum deyil. Məğlubiyyətdən yorulan atamanı tutub hakimiyyətə təhvil verdilər. O, yenidən qaçmağa çalışsa da, nəticəsi olmayıb. Təhlükəli cinayətkarın Moskvaya çatdırılması ilə şəxsən Suvorov məşğul olurdu. Puqaçov dəmir qəfəsdə pozulmaz mühafizəçilərin müşayiəti ilə paytaxta gətirildi. 1775-ci il yanvarın 10-da cəsur Bolotnaya meydanında edam edildi.